За годы войны советские медики вернули в строй 70% раненых и 90% больных воинов (всего 17 миллионов человек), для этого 5,5 млн. советских граждан 1 млрд. 700 млн. л крови. Благодаря работе медиков на советском фронте и в тылу не вспыхнули эпидемии инфекционных заболеваний.
В июле 1941 г. в системе Наркомата обороны началось формирование 1 600 эвакогоспиталей. К 01 декабря 1941 г. были сформированы 291 медсанбат, 380 полевых подвижных госпиталей, 94 медико-санитарные роты и пр. Всего в начальный период войны сформированы почти 3 800 медучреждений. Вот итог деятельности эвакогоспиталей: 57% раненых возвращены в строй, 4% - отправлены в отпуск, 36% - демобилизованы, 1,5% - умерли.
В начале войны должности хирургов в лечебных учреждениях Красной Армии были укомплектованы лишь на 58%, однако военные хирурги вернули в строй 70% раненых. На заключительном этапе Великой Отечественной Войны (ВОВ) организация хирургической помощи в Советской Армии достигла совершенства – ни одна из воевавших армий других стран не имела такой стройной системы оказания медицинской помощи. 90% раненых получали квалифицированную медицинскую помощь в первые 8 часов после ранения, тогда как в зарубежных армиях этот показатель равнялся 12 часам.
В период ВОВ в армии и на флоте находилось более 200 тыс. врачей, свыше 500 тыс. фельдшеров, медсестёр, санинструкторов и санитаров. Общие потери в советской медицинской службе за годы войны составили 210 тыс. чел., при этом 88% потерь составляли рядовые и сержанты, действовавшие на поле боя. Только Ленинградский фронт за первый год войны потерял почти 4,5 тыс. санитаров и санитаров-носильщиков (убито и пропало без вести около 2 тыс., ранено около 2,5 тыс.).
18 врачей стали полными кавалерами ордена Славы, 47 – Героями Советского Союза. 285 человек были награждены орденом Ленина, 3,5 тыс. – орденом Красного Знамени, 15 тыс. – орденом Отечественной войны 1 степени, 86,5 тыс. – орденом Красной Звезды, 10 тыс. – орденом Славы. Более 20 руководителей медицинской службы и главных хирургов фронтов были награждены полководческими орденами Советского Союза.
Среди военных медиков, принимавших непосредственное участие в Великой Отечественной войне, были и представители судебной медицины. Необходимость в квалифицированных специалистах в данной области стала очевидной уже с первых месяцев войны и была обусловлена потребностью органов военной юстиции в научно обоснованных экспертных заключениях.
В 1942 г. проводилось первое совещание фронтовых судебно-медицинских экспертов. На этом совещании была представлена для отдельного обсуждения разработанная Главным судебно-медицинским экспертом РККА М.И. Авдеевым схема всех видов членовредительств и способы их распознания. В своём выступлении на этом совещании М.И. Авдеев подчёркивал недопустимость противоправных методов экспертизы. Так, например, он рекомендовал проводить полноценное обследование в случаях выявления глухоты и учитывать, что глухота в условии тяжёлых боевых действий может носить истерический характер.
Начиная с 1942 г. советские судебно-медицинские эксперты вели работу по расследованию последствий фашизма на постепенно освобождающихся от него территориях. 2 ноября 1942 г. Президиум Верховного Совета ССР издал указ об образовании "Чрезвычайной Государственной комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их союзников". Для того, чтобы получить объективные доказательства "зверств фашистов", начальником Центральной судебно-медицинской лаборатории М.И. Авдеевым в 1943 г. была разработана специальная инструкция. Опыт подобной работы стал первым в русской медицине. Военные судебные медики проводили исследования трупов погибших, опрашивали оставшихся в живых узников концлагерей, участвовали в обследовании лагерей смерти, собирали вещественные доказательства.
В 1944 г. были опрошены оставшиеся в живых 520 заключённых лагеря "Гросс Лазарет" и лагеря в г. Славуты. Специальная советско-польская комиссия проводила обследование одного из крупнейших концлагерей - "Майданек". Были исследованы 840 трупов из мест массового захоронения убитых немцами граждан в г. Орёл и Орловской области, 420 трупов советских военнопленных в Темрюкском районе Краснодарского края, 1 479 трупов – на 3-ем Украинском фронте. Всего за 1944 г. судебно-медицинскими экспертами было исследовано более 6 тыс. трупов.
В том же 1944 г. собраны свидетельства больных по делу о намерении немцев распространить тиф среди населения Белоруссии. Во время освобождения советских и иностранных территорий обнаруживались всё новые места массовых уничтожений и захоронений жертв фашизма. Судебно-медицинские обследования прошли почти 2 тыс. заключённых "Освенцима".
Эта работа продолжалась и после окончания войны. Так, с 1945 по 1947 гг. советские судебно-медицинские эксперты принимали участие в расследованиях, проводимых на территории Польши. Экспертными комиссиями установлены и доказаны способы массовых уничтожений людей, пыток и злодеяний, творимых фашистскими врачами, использовавшими заключенных для бесчеловечных биологических экспериментов. Военные судебные медики активно участвовали в расследовании злодеяний фашистов на оккупированных ими территориях в отношении советских граждан, исследовали многочисленные вещественные доказательства, имеющие большое значение для расследования преступлений.
Большую роль в разоблачении фашистских злодеяний сыграли М.И. Авдеев, В.И. Прозоровский, П.С. Семеновский, В.М. Смольянинов и др., принимавшие участие в судебных процессах по делам о зверствах оккупантов на территории Краснодарского края, Харьковской области, в нацистских концлагерях смерти Заксенхаузене, Освенциме, Майданеке и др.
Полученные в ходе всех проведённых расследований данные, а также выводы комиссий советских судебно-медицинских экспертов вошли в материалы обвинения и были исследованы в ходе заседаний Нюрнбергского международного трибунала в качестве доказательств вины военных преступников.